ومنذ تم الاطاحة به في ثورة شعبية في 11 أبريل 2019، وتم وضعه بالسجن المركزي في «كوبر» مع بعض أركان نظامه ، لا يعرف أحد مكان الرئيس السابق، ولا أركان نظامه الهاربين من السجن والمتهمين بجرائم حرب وإبادة وجرائم ضد الإنسانية في إقليم دارفور، من قبل المحكمة الجنائية الدولية.
وفي ظل تضارب الأنباء حول مكان وجود البشير، تحدثت مصادر قريبه من مراكز القرار في «الحركة الإسلامية»، أكدت أن البشير تم تهريبه من مستشفى «السلاح الطبي»، إلى مكان آمن في شمال السودان. وقال إن عملية تهريبه مع وزير دفاعه عبد الرحيم محمد حسين، نفذتها نخبة من «الدبابين»، وهم مجموعة من المقاتلين المتشددين التابعين لتنظيم «الحركة الإسلامية»، وقوات الإسلاميين الخاصة، دون مشاركة كبيرة من الجيش، الذي اقتصرت مهمته على توفير تأمين محدود للعملية.
ورجّحت المصادر أن يكون الرجلان قد نقلا مباشرة إلى مدينة بربر في شمال البلاد، حيث تردد أن قادة الإسلاميين عقدوا اجتماعاً كبيراً سرياً في المدينة، ترأسه البشير. وأشار إلى أن العملية تمت قبل أكثر من شهر تقريباً، وليس عقب وصول قوات الجيش لمنطقة «السلاح الطبي» المحاصرة منذ عدة أشهر.